这是一段攻壳灵活队成立前夕不为人知而又影响深远的故事。2027年6月6日的一天，附属陆军机密部队501机关的真室中佐（宫内敦士 配音）在闹市街头被人殛毙，此前他曾堕进军械生意的行贿丑闻不得脱身，他对死亡背后天然潜躲着无数谜团。阴雨之夜，试图取回真室电子脑的公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）与生化人草薙素子（坂本真绫 配音）在真室…